Convenzioni con Organizzazioni non profit - Obbligo iscrizione RUNTS

E’ da poco scaduta una convenzione del Comune con alcune Onlus.
In seguito ad ad istruttoria preliminare è emerso che due delle tre Onlus che dovrebbero stipulare la convenzione non sono ancora iscritte al Runts.
Poiché in base all’art.56 del Codice del Terzo settore le Pubbliche Amministrazioni possono stipulare convenzioni con organizzazioni iscritte al Runts da almeno 6 mesi, in seguito a richiesta di spiegazioni in merito viene risposto dall’Organizzazione non profit capofila di non avere effettato l’iscrizione al Runts per motivi fiscali in quanto in attesa che la Comunità Europea esprima l’autorizzazione per l’impianto fiscale della Riforma del Terzo Settore, come previsto dall’articolo 104 comma 2 D. Lgs. 117/2017 che testualmente recita:
“2. Le disposizioni del titolo X, salvo quanto previsto dal comma 1, si applicano agli enti iscritti nel Registro unico nazionale del Terzo settore a decorrere dal periodo di imposta successivo all’autorizzazione della Commissione europea di cui all’articolo 101, comma 10, e, comunque, non prima del periodo di imposta successivo di operatività del predetto Registro.”
Ci chiedono pertanto di stipulare la convenzione tenuto conto che la mancata iscrizione al RUNTS da parte della Onlus è dovuta ad un ritardo del legislatore.
E’ possibile stipulare la convenzione, ci sono delle disposizioni normative/giurisprudenziali al riguardo oppure è necessario provvedere ad altre tipologie contrattuali?
Grazie in anticipo.

Fabio