Stai toccando un punto controverso mai risolto. Colgo l’occasione per fare un ragionamento generale così lo riuso nel forum 
D.lgs. n. 139/2006
Art. 16, comma 5 (l’art. 16 riguarda le procedure abilitative)
5. Qualora l’esito del procedimento rilevi la mancanza dei requisiti previsti dalle norme tecniche di prevenzione incendi, il comando adotta le misure urgenti anche ripristinatorie di messa in sicurezza dando comunicazione dell’esito degli accertamenti effettuati ai soggetti interessati, al sindaco, al prefetto e alle altre autorità competenti, ai fini degli atti e delle determinazioni da adottare nei rispettivi ambiti di competenza. Le determinazioni assunte dal comando sono atti definitivi.
Art. 19, comma 3 (l’art. 19 riguarda la vigilanza ispettiva)
3. Qualora nell’esercizio dell’attività di vigilanza ispettiva siano rilevate condizioni di rischio, l’inosservanza della normativa di prevenzione incendi ovvero l’inadempimento di prescrizioni e obblighi a carico dei soggetti responsabili delle attività, il Corpo nazionale adotta, attraverso i propri organi, le misure urgenti, anche ripristinatorie, per la messa in sicurezza e DÀ COMUNICAZIONE DELL’ESITO DEGLI ACCERTAMENTI EFFETTUATI AI SOGGETTI INTERESSATI, AL SINDACO, AL PREFETTO E ALLE ALTRE AUTORITÀ COMPETENTI, AI FINI DEGLI ATTI E DELLE DETERMINAZIONI DA ASSUMERE NEI RISPETTIVI AMBITI DI COMPETENZA
Art. 20 - Sanzioni penali e sospensione dell’attività
1. Chiunque, in qualità di titolare di una delle attività soggette ai controlli di prevenzione incendi, ometta di presentare la segnalazione certificata di inizio attività o la richiesta di rinnovo periodico della conformità antincendio è punito con l’arresto sino ad un anno o con l’ammenda da 258 a 2.582 euro, quando si tratta di attività che comportano la detenzione e l’impiego di prodotti infiammabili, incendiabili o esplodenti, da cui derivano in caso di incendio gravi pericoli per l’incolumità della vita e dei beni, da individuare con il decreto del Presidente della Repubblica previsto dall’articolo 16, comma 2.
2. Chiunque, nelle certificazioni e dichiarazioni rese ai fini della presentazione della segnalazione certificata di inizio attività o della richiesta di rinnovo periodico della conformità antincendio, attesti fatti non rispondenti al vero è punito con la reclusione da tre mesi a tre anni e con la multa da 103 a 516 euro. La stessa pena si applica a chi falsifica o altera le certificazioni e dichiarazioni medesime.
3. Ferme restando le sanzioni penali previste dalle disposizioni vigenti, IL PREFETTO può disporre la sospensione dell’attività nelle ipotesi in cui i soggetti responsabili omettano di: presentare la segnalazione certificata di inizio attività o la richiesta di rinnovo periodico della conformità antincendio; richiedere i servizi di vigilanza nei locali di pubblico spettacolo e intrattenimento e nelle strutture caratterizzate da notevole presenza di pubblico per i quali i servizi medesimi sono obbligatori. La sospensione è disposta fino all’adempimento dell’obbligo.
TAR Milano 2042/2016 - Il TAR ritiene legittima la contingibile e urgente del Sindaco
TAR Lazio, Roma n. 8929/2014 - Il TAR ritiene legittimo il provvedimento comunale (non contigibile e urgente) per la chiusura di una struttura commerciale priva di CPI.
Si potrebbe pensare che il Prefetto agisca in via residuale mentre agisce il comune (sindaco) per le attività con abilitazioni amministrative di competenza.
Nel caso che citi, mettendo insieme la “sicurezza” dell’art. 32 (contenuto obbligatorio della SCIA) e i “requisiti strutturali” dell’art. 34, è ragionevole che il Comune possa/debba intervenire coordinandosi con la Prefettura. Se non per la chiusura/sospensione, almeno per ridurre l’attività ricettiva a 25 PL o meno così da uscire dal campo applicativo del DPR 151/2011
